如何有效应对克隆人威胁？

故事发生于二十一世纪中期，男主角林肯6-E是个帅气小伙子，他与一群伙伴生活在一个封闭的地下城中，地下城设施完善，生活条件极佳，每天吃饭、睡觉、锻炼，生活健康而节制，唯一的问题是没有自由，无法恋爱，也不能外出，根据地下城城主的说法，当前地球经历了核战争，地下城是幸存者，地面已经被核污染覆盖,因此无法离开。

地下城内唯一有趣的事就是定期的抽奖机会，中奖者可以获得前往世外桃源旅游的权利，据说那里景色美丽，人们通常不舍得离开，林肯心中理想的女神是美丽优雅的乔丹2-D,她中奖的消息令大家欢欣鼓舞。

随后，林肯跟踪一只飞蛾，发现地下城上方竟然有一家医院，他仔细观察，发现那些所谓的获奖者在这里被抽取器官,谋害身亡。

林肯大吃一惊，连忙返回地下城，带着乔丹试图逃离，基地也紧随其后，追踪他们，在逃亡过程中，林肯和乔丹见到了克隆人培养车间，众多克隆人在这里接受营养,逐渐成长壮大。

林肯和乔丹历经艰险，终于成功逃脱地下城，来到地面，却发现地上环境恶劣，完全没有污染，一切都只是虚假信息，二人首先找到地下城的技术员，技术员告知他们真相：地下城的居民全都是克隆人，他们的身体是由钱支付购买的，作为生命保险，起初的克隆人状态如植物人，但器官移植效果不佳，因此他们接受了升级，拥有意识和行为能力,享受正常人的生活。

二人得知真相后，决定寻找林肯的本体，希望他能解决问题，当地下城军队再次追捕时，林肯利用身份辨别手环制服了本体，将其送至安全地点，本体私心甚重,悄悄给城主打电话要捕杀林肯。

当地下城军队再度发动袭击时，林肯巧妙地将辨别手环置于本体身上，使其死亡，事件进一步扩大，城主决定全面消灭所有克隆人，二人为了保护其余克隆人，返回地下城，经过激烈战斗，干掉城主,解救了其他克隆人。

获救后的大量克隆人来到地面上，呼吸着自由空气，他们的生命暂时安全了,但未来何去何从仍未可知。

电影结束前，导演迈克尔·贝采用了商业化的模式，以激烈的打斗和冷笑话吸引观众，他也警告观众必须慎重对待人体克隆，未有把握前不应贸然开启这“潘多拉的魔盒”。